Сосуществование экономистов
Тем не менее, эта ситуация относительно «мирного» сосуществования экономистов и администраторов в аграрной сфере закончилась в 1929 году, когда был взят курс на коллективизацию советского сельского хозяйства. Одновременно вся предыдущая сельскохозяйственная экономия, объявленная «неправильной», подверглась символическому и физическому уничтожению. Данная ситуация являет собой радикальный пример переопределения дисциплинарных границ, прямо пропорционального радикальности кампании по коллективизации советской деревни. В связи с реализацией сталинского плана ломки старого аграрного порядка и создания на его месте нового была предпринята серия преобразований на уровне институций и самого названия дисциплин. Так, одновременно с началом коллективизации была упразднена чаяновская «сельскохозяйственная экономия», и на ее месте появились «экономика колхозов» и «экономика совхозов». В тридцатые годы многие институты были закрыты, другие подверглись многократным реорганизациям, и к концу десятилетия аграрная экономика как самостоятельная дисциплина прекратила в СССР свое существование.
После второй мировой войны, и особенно с конца 1950х годов, наблюдается новый подъем интереса к аграрной экономике, выразившийся в создании новых институций, в появлении новых направлений исследований благодаря политической повестке дня, связанной с задачами восстановления экономики по обе стороны «железного занавеса». Именно в этот период аграрная экономика получает институциональное развитие в странах континентальной Европы.